一个一生都在渴望变聪明的人，在短暂拥有智慧后，又重重跌落在原地。
查理.高登，一个因为智力低于常人而遭到身边人的排斥。父母因为他而吵架，妹妹讨厌他，母亲将他送走；同事欺负嘲笑他，用女人戏弄他，甚至还有利用他拿回扣的。这些发生在他身上种种恶劣行径，都没有改变他善良，乐观的本性。他拿他们当朋友，在他们嘲笑戏弄他的时候，还和他们一起玩笑，并且想要变聪明，然后能更让他的“朋友们”喜欢他。
为了变聪明，他积极主动的要求做手术。而这项手术在他之前，只在动物身上做过，而老鼠阿尔吉侬就是其中的佼佼者。
查理满怀期待做完手术，但他的大脑没有立刻变聪明，还是和以前一样。他被迫和老鼠一起玩，聪明的阿尔吉侬让他烦躁。但在斯特劳斯医生以及尼姆教授还有艾利斯小姐的鼓励与帮助下，他成功的克服了自己。
渐渐的，做完手术的查理学会了用揉面机，知道了羞耻的观念，明白了别人的戏弄，他开始沮丧和怀疑自己，并且感到孤单。与此同时，查理发现了金皮背着唐纳先生拿回扣，甚至还利用他的愚笨让他成了“加害者”。天性善良的他在经过多番思考后，选择善意的警告金皮先生。但是逐渐变聪明的他被众人所不能容忍，他被干了十几年的面包店赶出去。
被排挤的查理一边回忆痛苦的往事，一边挣扎在孤单的现实中。变聪明的查理回忆了小时候遭受的所有苦难，而现实中的查理因为太过聪明而与身边的人格格不入。愚笨与聪明都让查理孤独。
尼姆教授在妻子的压力下，过早的开办新闻发布会。在会上，查理带着阿尔吉侬逃跑。在一个人租住的时候，查理见了父亲，父亲却认不出来他了；他去了沃伦之家，看到了未来自己的景象；他遇见了与众不同的利尔曼；他看见了阿尔吉侬的退化；他想要帮助和他一样的人。
查理加速实验进程，知道了自己最后的结局并且埋葬了阿尔吉侬。他抱着想要帮助和查理一样人的心态，克服内心的痛苦，去见了妈妈和妹妹，想要成为妈妈和妹妹的依靠者，却最终还是被神志不清的母亲赶出去。
查理的精神状态变得糟糕，他不愿意与别人打交道，赶走了身边的人，查理又退化成了最初的查理。
一个善良乐观勇敢的查理，因为一场手术，他经历了智商的极端。因为智商的大转折，查理一直都活在痛苦中。但即使在这样的波折中，查理依旧是那个内心善良的查理，不聪明的他真诚对身边的人，积极向上；聪明的查理在知道过往一切真相，甚至于得知自己最后的结果仍愿意为了帮助像他一样的人而努力。
而在这场波折中，查理身边的人或多或少都伤害过他。无论是前期善良还是后面善良的人，他们更多是在怜悯自己想象中的查理，而不是把查理当做一个有尊严的人。或许查理的愚笨或者是聪明也曾给他们带来困扰，但查理的一切作为都是无意识的，而他们，却是主观的，有意识的。
查理的一切表现在我们看来，或许是有特异性的，他的善良与美好是我们做不到的。我们是那些模棱两可，自以为是的围在查理周围，表面上给与帮助实际给与伤害的人。
阿尔吉侬是个特例，查理也是一个特例。我们这些普通人没法做到像他们那样，或许我们可以做到不给他们造成二次伤害。
献给阿尔吉侬的花束，希望那是最后一个阿尔吉侬，也是最后一个查理.高等。